Le musée est consacré à l'histoire de la Compagnie des Indes orientales et aux relations artistiques qu'elle engendra par ses liens ininterrompus pendant plus d'un siècle avec les pays d'Afrique et d'Asie. 

Les collections abordent différents thèmes : l'histoire des compagnies ayant reçu du roi le privilège du commerce vers les pays d'Afrique et d'Asie, le développement du port et de la ville de Lorient, l'activité des comptoirs, la navigation à bord des vaisseaux de la compagnie et les marchandises qu'ils ramenaient de ces contrées lointaines.

Les peintures et les oeuvres d'art qui jalonnent le parcours du musée se rapportent aux différentes étapes françaises de la route des Indes orientales : l'Afrique occidentale, les îles de l'Océan Indien, l'Inde et la Chine.